Urodził się w 1634 roku, dzieciństwo spędził w Gąbinie. Był synem rabina Chaima Gombinera. Po śmierci rodziców opuścił Gąbin i udał się do Wilna, gdzie pobierał nauki u Jakuba Izaaka Gombinera. Po rzezi Wilna dokonanej w 1655 r. przez kozaków Bohdana Chmielnickiego przybył do Kalisza, gdzie zamieszkał na stałe.
Gombiner był jednym z najwybitniejszych talmudystów swoich czasów. Przed 1671 r. napisał komentarz do Szulchan Aruch, zatytułowany Magen Awraham. Jego tekst został wydany drukiem w Brzegu Dolnym w 1692 roku. Praca ta wywarła ogromny wpływ na praktyki religijne wyznawców judaizmu, niejako godząc tradycję sefardyjską prezentowaną przez Szulchan Aruch Józefa Karo ze stwierdzeniami Mojżesza Isserlesa, zawartymi w traktacie Mapa. Wśród Żydów aszkenazyjskich czasy modlitw do dzisiaj ustala się wedle jego opracowania.
Oprócz komentarzy napisał także dzieło Zajit raanan („Zielona oliwka”), wydane w Dessau w 1704 roku, zawierające rozważania kabalistyczne, do których dołączył część swojego komentarza do Tory; Szemen sason („Olej Radości” – zaginione), a także komentarz do pierwszej części Szulchan Aruch ze specjalnym esejem na temat właściwej wymowy żydowskich imion w oficjalnych dokumentach.
Gombiner pisał także poezję religijną. Jego ostatnim życzeniem było, by jego imię oraz tytuły prac były jedynym epitafium na jego nagrobku. Zmarł w 1682 roku, pochowano go na starym cmentarzu żydowskim w Kaliszu.