Żył w latach 1581-1630. Urodził się w Mons (Belgia) w rodzinie szlacheckiej. Po wstąpieniu do zakonu jezuitów przebywał w Pont-a-Mousson, gdzie studiował filozofię.
Pod koniec 1613 roku, mimo poważnej choroby, Malapert został wysłany przez swoich przełożonych do Polski. Początkowo Karol trafił do kolegium w Poznaniu a później do Kalisza, gdzie przez dwa lata nauczał matematyki. W czasie wolnym od pracy dydaktycznej zaczął zajmować się własnymi badaniami, które dotyczyły matematyki i astronomii. Jego uczniami i współpracownikami było dwóch polskich jezuitów: Szymon Perovius i Aleksy Sylvius.

W roku 1613 Malapert zastosował po raz pierwszy w Polsce lunetę do obserwacji gwiazd, a około roku 1614, za radą wybitnego astronoma jezuickiego Christopha Scheinera, użył jej do projekcji astronomicznej obrazów słońca z plamami słonecznymi. Badania plam słonecznych prowadził Malapert z zamiarem odnalezienia planet przysłonecznych, aby w ten sposób zrównoważyć galileańskie odkrycie księżyców Jowisza jako dowodu potwierdzającego doktrynę kopernikańską. 

W zainteresowaniach astronoma pozostawało nie tylko Słońce. Badał on także mgławice Oriona, Saturna, którego pierścienie brał za jego dwa księżyce, Jowisza z księżycami oraz Księżyc. Międzynarodowa Unia Astronomiczna nazwała od jego nazwiska krater na Księżycu.

Wszystko wskazuje na to, że pierwsze w Polsce profesjonalne obserwatorium astronomiczne Malaperta znajdowało się w wieży przy kościele jezuickim. Jej niespotykany kształt, nakrycie płaskim dachem oraz prawie idealne ustawienie okien na południe, wschód i zachód, aż nadto dobitnie sugeruje, że owa wieża może uchodzić za pierwsze w Polsce obserwatorium astronomiczne z prawdziwego zdarzenia, w których do obserwacji zjawisk na niebie użyto lunety z paralaktycznym montażem.

Malapert skonstruował wraz z Sylviusem kolejno trzy typy przyrządu obserwacyjnego o kluczowym, światowym znaczeniu w historii tak astronomii, jak i techniki optycznej. Dzięki jego działalności Kalisz stał się najprężniej działającym ośrodkiem astronomicznym w Polsce.
W Kaliszu w 1615 roku u miejscowego drukarza W. Gedeliusza swój zbiór wierszy "Variorum poematum fasciculus" (w tym tragedię "Sedecias", kilkakrotnie później przedrukowywaną i grywaną jeszcze w XVIII w. w teatrach szkół jezuickich), dedykowany królewiczowi Władysławowi Wazie.

W 1617 r. opuścił Kalisz i osiadł w Duai we Flandrii. Na tamtejszym uniwersytecie jezuickim pełnił funkcję nauczyciela matematyki i kontynuował (w latach 1618 - 27) rozpoczęte w Kaliszu obserwacje astronomiczne, prowadzone nadal przy pomocy A. Sylviusa, który wraz z nim lub w ślad za nim podążył do Duai. We flamandzkim okresie swego życia Malapert napisał kilka prac astronomicznych i matematycznych. Na przestrzeni dziesięciu lat wydał przynajmniej sześć dzieł traktujących o astronomii lub matematyce. W jednym z nich opisywał sposób budowy teleskopu oraz powierzchnię Księżyca, na który to temat trwała wówczas zacięta debata naukowa. Malapert był więc jednym z pionierów selenografii. Uważał iż Księżyc ma kształt sferyczny a jego powierzchnia jest bardzo nierówna i naznaczona wieloma kraterami, wzniesieniami i obniżeniami. Karol krytykował również poglądy głoszące iż na Księżycu występuje życie, wykazując też czemu jego zdaniem jest to niemożliwe. Nie koncentrował się jednak tylko na księżycu. Pisał również o plamach słonecznych, kometach, planetach, pierścieniach Saturna i Drodze Mlecznej. Szczególnie zajmowały go komety którym poświęcił osobne studium.

Następnie był rektorem kolegium w Arras. W 1629 roku został powołany przez Filipa IV na katedrę matematyki cesarskiego kolegium jezuickiego w Madrycie, której nie zdążył objąć, zmarł bowiem w drodze do Vittoria (Katalonia) 5 listopada 1630 roku.
W wydanym w 1633 r. (już po jego śmierci) dziele "Austriackie Gwiazdy" autor próbuje przybliżyć stosowaną przez siebie dotychczas metodę projekcji i opisuje działanie otworkowej ciemni optycznej, stosowanej wtedy powszechnie do obserwacji zaćmienia Słońca.

Oprócz tego był autorem czterech książek napisanych przede wszystkim w celu ułatwienia nauki studentom. Zostały one opublikowane między 1620 a 1627 rokiem. Pierwsza z nich, Euclidis elementorum priores sex libri, zawierała wytłumaczenie poglądów Euklidesa zawartych w jego "Elementach". Druga, Faciliorum Geometriae elementorum libri duo, dotyczyła podstaw geometrii. Trzecia, Paraphrasis in omnes Aristotelis libros didactitos, była komentarzem do prac Arystotelesa. Największe znaczenie miała jednak ostatnia tego typu publikacja Malaperta: Arithmeticae praticae brevis institutio. In qua nova ratio dividendi per Tabulam Pythagoricam et alia non passim obvia explicantur. Była ona podręcznikiem do arytmetyki, ale oprócz standardowych informacji zawierała także opis urządzenia podobny do tak zwanej Kostki Napiera, opisanej przez Johna Napiera w Rabdologiæ z 1617 roku.

Karol Malapert jest dzisiaj patronem kaliskiego Koła Astronomicznego i inspiracją dla kolejnych pokoleń znawców Kosmosu w Kaliszu. Ma też w Kaliszu swoją ulicę w rejonie ulicy Elektrycznej.