Był członkiem Związku Młodzieży Polskiej „Zet”. Uczestniczył w zjeździe założycielskim Polskiej Partii Socjalistycznej w Paryżu w 1892 roku. Podczas drugiego zjazdu tej partii w Wilnie w 1893 roku, poznał Józefa Piłsudskiego. W związku z represjami ze strony władz carskich, udał się na emigrację. Przebywał w Zurychu, następnie w Paryżu, a od 1894 roku w Londynie. W 1899 roku ożenił się z Marią Kiersnowską. W następstwie rewolucji rosyjskiej z 1905 roku, została ogłoszona amnestia dzięki czemu Wojciechowski mógł legalnie powrócić do kraju. Podczas I wojny światowej przebywał w Rosji. W Warszawie pojawił się ponownie latem 1918 roku. W 1919 roku powołany na ministra spraw wewnętrznych w gabinecie Ignacego Jana Paderewskiego. Od 1921 roku działał w Polskim Stronnictwie Ludowym „Piast”. Po śmierci Gabriela Narutowicza został wybrany przez Zgromadzenie Narodowe na urząd Prezydenta RP w grudniu 1922 roku. Funkcję tę pełnił do dnia 15 maja 1926, czyli do przewrotu majowego Marszałka Józefa Piłsudskiego. Po zrezygnowaniu ze stanowiska Prezydenta RP, przestał aktywnie uczestniczyć w polityce i poświęcił się działalności naukowej, prowadził też działalność spółdzielczą w "Społem". II wojnę światową spędził w Warszawie, chociaż po upadku Powstania Warszawskiego wraz z żoną został przewieziony do niemieckiego obozu przejściowego w Pruszkowie, skąd - dzięki polskim sanitariuszom - został zwolniony. Odznaczony m.in. Orderem Orła Białego i Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski. Zmarł 9 kwietnia 1953 w Gołąbkach będących obecnie osiedlem Warszawskiej dzielnicy Ursus. Jest pochowany na warszawskich Powązkach.