Urodził się 5 października 1891 w Sorokach, zmarł w wyniku odniesionych ran 4 października 1920 w Warszawie.

Służbę wojskową rozpoczął w armii rosyjskiej. Po utworzeniu w 1917 roku I Korpusu generała Dowbór -Muśnickiego wstąpił do tej polskiej formacji. Po jej rozbrojeniu w 1918 roku zgłosił się do służby w 4. Dywizji Strzelców generała Lucjana Żeligowskiego. W grudniu 1918 roku przybył do Odessy i został mianowany dowódcą utworzonego wówczas 14. Pułku Strzelców. W czerwcu 1919 roku powrócił wraz z dywizją przez Rumunię do Polski, wspomagając oddziały polskie walczące z Ukraińcami.
Już 1 lipca tego roku został mianowany dowódcą 29. Pułku Strzelców Kaniowskich, działającego na północnym odcinku frontu wschodniego. Wsławił się wieloma brawurowymi akcjami.
5 lutego 1920 roku wyróżnił się podczas wypadu na stację Borkowicze. Wsławił się także w boju pod Jaznem nad Autą 18 czerwca 1920 oraz w trakcie odwrotu wojsk polskich znad Auty i Berezyny. Dał się poznać jako świetny, wymagający dowódca i osoba o ogromnej odwadze osobistej.

15 sierpnia 1920 roku został ciężko ranny prowadząc czołową kompanię pułku do natarcia na Mokre, walcząc w obronie przedmościa warszawskiego w składzie 1 Armii gen. Franciszka Latinika. Według relacji, zranienie dowódcy wyzwoliło w jego podkomendnych pragnienie zemsty i przyśpieszyło natarcie.
Ciężko rannego majora Stefana Waltera przewieziono do szpitala ewangelickiego w Warszawie. Tam przez kilka tygodni walczył o życie. Pod koniec września 1920 roku za odwagę na polu bitwy pod Radzyminem został oznaczony Orderem Virtuti Militari. W szpitalu wręczył mu go sam generał Józef Haller. Kilka dni później, 4 października 1920 roku, w przededniu swoich 29. urodzin, w wyniku ran odniesionych w walce, major Stefan Walter zmarł w chwale bohatera walk pod Radzyminem i obrony Warszawy.

Spoczął na warszawskich Powązkach. 3 listopada 1924 na grobie bohaterskiego majora został odsłonięty pomnik ufundowany przez oficerów i szeregowych 29 pułku Strzelców Kaniowskich. II batalion pSK stacjonował wtedy w koszarach w Szczypiornie, na terenie dzisiejszego Centralnego Ośrodka Szkolenia Służby Więziennej.

Staraniem żołnierzy i towarzyszy broni w roku 1936 został ekshumowany i 30 maja pochowany ponownie – na cmentarzu wojskowym na Majkowie w Kaliszu.