Urodził się 14 lutego 1807 w Strzale pod Siedlcami w ubogiej rodzinie. Szybko stracił ojca. Wychowywany tylko przez matkę poznał co to bieda i niedostatek i to być może zaważyło na całym jego dalszym życiu, już jako dorosłego mężczyzny. Szkołę elementarną ukończył w Łukowie, a dalszą naukę pobierał u pijarów w Siedlcach, by w 1825 r. zdać maturę w szkole w Warszawie.
Studiował medycynę na Uniwersytecie Warszawskim i w 1830 r. otrzymał dyplom magistra medycyny i chirurgii. Był nie tylko dobrym lekarzem, ale i niezłym lingwistą znającym bardzo dobrze języki klasyczne i kilka nowożytnych. Jego medyczne wykształcenie przydało mu się w powstaniu listopadowym, został bowiem lekarzem wojskowym w batalionie 4 Pułku Strzelców Pieszych, a następnie lekarzem sztabowym. W uznaniu zasług i pełną poświęcenia służbę oraz odwagę został odznaczony Złotym Krzyżem Virtuti Militari.

Po upadku powstania, w 1832 r. przyjął posadę lekarza miejskiego i więziennego w Pyzdrach, jednak już w 1834 r. przeniósł się do Kalisza, gdzie też pracował do końca życia, ubogich pacjentów lecząc bezpłatnie. Od 1841 był lekarzem w Szpitalu Św. Trójcy, a w latach 1840–1843 był także lekarzem więziennym. W latach 1844–1846 odbył podróż naukową po krajach zachodniej Europy, by zapoznać się z najnowszymi zdobyczami wiedzy medycznej w znanych europejskich klinikach i szpitalach. Odwiedził w tym czasie Londyn, Berlin, Wiedeń i ukochany Paryż. Na czas wyjazdu polecił spieniężyć wszystkie swoje cenne rzeczy, a uzyskane pieniądze rozdzielić pomiędzy kaliskie szpitale, domy starców i ochronkę. Można zaryzykować stwierdzenie, że Stanczukowski stał się prekursorem loterii fantowych na cele dobroczynne.

W tym czasie zyskał już sobie miano wielkiego społecznika i opiekuna dzieci i młodzieży z najuboższych warstw społecznych, upatrując w ich edukacji przyszłość kraju. Udzielał im zapomóg, niektóre z nich kształcił nawet na własny koszt w szkołach elementarnych i na uniwersytetach. Biedotę leczył za darmo, a niejednokrotnie zdarzało mu się pisać na receptach „pro paupero" (na mój koszt).
Był członkiem Kaliskiego Towarzystwa Dobroczynności, członkiem Rady Miejskiej, dyrektorem Komitetu Resursy Obywatelskiej.
Sam żył więcej niż skromnie. Z dochodu rocznego 20 tysięcy złotych polskich aż 16 wydawał na cele charytatywne. Z myślą o najbiedniejszych, razem ze swoim przyjacielem Kazimierzem Asnykiem (ojcem Adama Asnyka) założyli w 1846 r. w Kaliszu przy placu św. Józefa księgarnię „Nowa", a przy niej pierwszą w naszym mieście Czytelnię Dzieł Polskich.

Ożenił się z Emilią Filleborn, właścicielką znanej w okolicy pensji żeńskiej. Dom Stanczukowskich był miejscem zebrań kaliskiej inteligencji.

W testamencie zapisał 30 tys. zł polskich na cele dobroczynne - instytucjom w Pyzdrach, Siedlcach, Kaliszu i Warszawie. Kapitał był złożony w banku na 120 lat, otwarcie testamentu miało nastąpić w 1995 r.
Zmarł 18 października 1874 r. Upamiętnieniem tego lekarza - społecznika jest oddana do użytku w 1993 r. nowa arteria komunikacyjna w kierunku na Poznań, nazwana imieniem Walentego Stanczukowskiego.