Po ukończeniu nauki w gimnazjum studiowała na Uniwersytecie Warszawskim, była członkiem organizacji Awuka (Pochodnia) – organizacja studentów, członków Haszomer Hacair. Zaraz po wybuchu wojny wyjechała z przedstawicielami Haszomer Hacair do Wilna, gdzie była członkiem sekretariatu okręgowego. Po wkroczeniu Niemców do miasta działała w podziemnej organizacji PRO. Razem z Chajką Grossman, późniejszym mężem Abą Kownerem, Różką Korczak i innymi działaczami przygotowywała się w getcie do zbrojnego powstania. Wszyscy oni działali w Farejnigte Partizaner Organizacje (FPO, jid., Zjednoczona Organizacja Partyzancka). Mimo że Witka Kempner
miała tzw. aryjskie papiery, wolała pozostać w getcie.

Następnie uciekła do lasu. Walczyła w partyzantce przeciw Niemcom jako dowódca jednostki wywiadu (PLSR) w batalionie „Zemsta”, którym dowodził Aba Kowner.

Tuż po wojnie pomagała ocalałym dostać się do Palestyny. Następnie działała w stworzonej przez Abę Kownera  tajnej grupie Nakam, która miała dokonać rewanżu na Niemcach za zbrodnie popełnione w czasie Zagłady. Grupa działała początkowo we Włoszech. W 1946 r., po kilku nieudanych posunięciach i wobec braku poparcia dla swoich
działań, bojownicy postanowili osiąść w Palestynie. Zamieszkali w kibucu En ha-Choresz. Pracowali na roli, pobrali się, urodził im się syn Michał. W 1948 r. Witka Kowner zachorowała na gruźlicę; przez rok przebywała w szpitalu, nie mogła kontaktować się z synem. W 1956 r. urodziła córkę Szlomit.

W wieku 45 lat zdecydowała się podjąć studia z zakresu psychologii klinicznej. Opracowała autorską metodę psychoterapii. Zajęła się terapią dzieci w kibucu. Zmarła w En ha-Choresz 15.02.2012 roku.