Projektantem i twórcą budowli był włoski architekt – jezuita Jan Maria Bernardoni. Wykazuje ona wiele cech nowatorskich, które były później rozwijane w baroku, a w kościele kaliskim pojawiły się po raz pierwszy. Rozwiązanie, jakim było wtopienie go w ciąg otaczających murów i zamknięcie osi starej uliczki fasadą kościoła, tworzyło wzór często odtąd naśladowany. Budowę, którą bezpośrednio nadzorował, związany z Kaliszem architekt i murator Albin Fontana, rozpoczęto w 1592 r. Posiada ona jeszcze renesansowy portal, jednak wnętrze olśniewało już barokowym przepychem, którego podziwianie ułatwiały empory nad nawami bocznymi. W powstaniu kościoła i zabudowań kolegium znaczącą rolę odegrał prymas Stanisław Karnkowski, który również bogato wyposażył świątynię i który, w 1603 r., został w niej pochowany. Niestety, kiedy pod koniec XVIII w. kościół przejęła gmina ewangelicka, rozproszeniu uległo wyposażenie kościoła, nie było już tam również miejsca na szczątki Karnkowskiego – „młota na kacerzów”. Prochy prymasa, jak i większość elementów wyposażenia, trafiły do pobliskiej kolegiaty, ewangelicy uszanowali jednak cenny renesansowy nagrobek Karnkowskiego, który jest ozdobą świątyni do dziś. Po II wojnie przejęło ją wojsko – wnętrze kościoła pozostało więc dość surowe. Jego wielkim atutem jest natomiast wspaniała akustyka.